Entró como monje en el monasterio de San Teodosio, cerca de Jerusalén. Posteriormente marchó a Alejandría donde conoció a San Juan Moshu, que es el autor del escrito ascético “Leimon ho leimonon” o el “Leimonarion” (“El prado espiritual” o “el jardín de los limoneros”), obra que es considerada como la continuación del Patericon Egipcio (Apophthegmata Patrum). Sofronio se convirtió en su discípulo y juntos peregrinaron a través de Siria, Palestina, Egipto y Roma. Después de la muerte de San Juan Moshu en Roma, San Sofronio se volvió a Jerusalén llevándose consigo el cuerpo de San Juan, que sepultó en el cementerio del monasterio de San Teodosio. Junto con San Máximo el Confesor, San Sofronio comenzó a luchar contra los monotelitas, siendo el primero que se dio cuenta del peligro que suponía esta doctrina que era apoyada por el emperador bizantino Heraclio I (610-641), con la intención de conseguir la reunificación entre la Iglesia miafisita (coptos) y la Iglesia de Constantinopla con el fin último de reforzar las fronteras orientales del Imperio. Los miafisitas creían que en Cristo había una sola naturaleza – la divina – ya que la naturaleza humana desapareció en la naturaleza divina.