Sus escritos son de gran importancia por ser un Padre de la Iglesia y Arzobispo de Jerusalén solo tres siglos después de la pasión de Jesús. Sucedió a Máximo en la sede de Jerusalén el año 348 y fue obispo de esa ciudad por unos 35 años. Por su defensa de la ortodoxia en la controversia arriana, se vio más de una vez condenado al destierro.

Hasta nosotros llegaron 18 discursos catequéticos, un sermón de la piscina de Betseda, la carta al emperador Constantino y otros pequeños fragmentos. Trece escritos están dedicados a la exposición general de la doctrina, y cinco, llamados mistagógicas, están dedicados al comentario de los ritos sacramentales de la iniciación cristiana.

Estos escritos llamados Catequesis de San Cirilo, nos llegaron gracias a la transcripción de un estenógrafo, que lo hizo con la misma sencillez y naturalidad que lo hacía San Cirilo, cuando comunicaba a la comunidad cristiana, en los tres principales santuarios de Jerusalén, entre ellos la Basílica de la Santa Cruz de Constanza, llamada Martyrion para los candidatos al bautismo y la iglesia de la Resurrección o Anástasis, para los que se bautizaban durante la semana de Pascua, es decir, eran los mismos lugares de la redención, como él mismo decía, que no solo se escucha, sino que "se ve y se toca".

Por estos importantes escritos, que probablemente lo compuso al comienzo de su episcopado, ha merecido el título de Doctor de la Iglesia, por el Papa León XIII. La incertidumbre de su pensamiento teológico, es lo que demoró en Occidente, el reconocimiento de su santidad. Su fiesta fue instituida en 1882.

Tuvo alguna simpatía por los arrianos, pero pronto se separó de ellos para adherirse a los semiarrianos homoiusianos, esto era, la orientación teológica que se inclinaba a los convenios, que proponía el término "homoi-ousios" (de naturaleza semejante) en vez de "homo-ousios" (de la misma naturaleza, es decir, el verbo de la misma naturaleza que el Padre). Se trataba solo de añadir una letra, pero era suficiente para eliminar la idea de la consubstancialidad (consubstancial: que es de la misma substancia) entre el Padre y el Hijo. Cirilo abandonó también a los semiarrianos y se unió a la doctrina ortodoxa de Nicea, por eso fue desterrado cinco veces bajo los emperadores Constantino y Valente. En total fueron 16 años de destierro. Tres veces por un bando y dos por el bando opuesto.

En sus escritos habla de la penitencia, del pecado, del bautismo y del Credo, explicándolo frase por frase, para instruir a los recién bautizados sobre la fe, también habla bellísimamente sobre la Eucaristía, insistiendo fuertemente en que Jesucristo Sí está presente en la Santa Hostia de la Eucaristía. A los que reciben la comunión en la mano les aconseja: "Hagan de su mano izquierda como un trono que se apoya en la mano derecha, para recibir al Rey Celestial" (traten con cuidado la hostia consagrada, para que no caigan pedacitos, así como no dejaríamos caer al suelo pedacitos de oro). En síntesis estos documentos son de mucho valor porque contienen las enseñanzas y ritos de la Iglesia de mediados del siglo IV y forman "el primitivo sistema teológico". También describe interesantemente acerca del descubrimiento de la cruz y de la roca que cerraba el Santo Sepulcro.

Existen dos versiones que no coinciden entre sí, de porque Cirilo sucedió a Máximo en la sede de Jerusalén. San Jerónimo fue quien dejó una de ellas, pero evidentemente tenía prejuicio en contra de San Cirilo.

Arrio Acacio, era uno de los obispos de la provincia, que consagró legalmente a San Cirilo, pensando que luego iba a poder manejarlo, pero se equivocó por completo. Cirilo era un hombre suave de carácter, prefería instruir que polemizar, trataba de permanecer neutral en las discusiones y por esa razón ambos partidos lo desterraron en su momento, llamándolo hereje. Pero contaba con amigos como San Hilario, que era defensor del dogma de Santísima Trinidad y con San Atanasio que defendía la divinidad de Jesucristo, que le profesaba una sincera amistad. En el Concilio general de Constantinopla, en el año 381, lo llaman: "valiente luchador para defender a la Iglesia de los herejes que niegan las verdades de nuestra religión".

En el primer año de su episcopado, ocurrió un fenómeno físico que impresionó a la ciudad. Envió noticia de lo sucedido al emperador Constantino, en una carta que aún existe y que se ha puesto en duda su autenticidad, aunque el estilo sin duda es suyo. La carta dice: "En las nonas de mayo, hacia la hora tercera, apareció en los cielos una gran cruz iluminada, encima del Gólgota, que llegaba hasta la sagrada montaña de los Olivos: fue vista no por una o dos persona, sino evidente y claramentes por toda la ciudad. Esto no fue, como podría creerse, una fantasía ni apariencia momentánea, pues permaneció por varias horas visible a nuestros ojos y más brillante que el sol. La ciudad entera se llenó de temor y regocijo a la vez, ante tal portento y corrieron inmediatamente a la iglesia alabando a Cristo Jesús único Hijo de Dios".

Enseguida que Cirilo tomara posesión, comenzaron las discusiones entre él y Acacio, no solo por problemas de sus respectivas sedes, sino también sobre asuntos de fe, porque Acacio en ese entonces, estaba envuelto en la herejía arriana. Acacio como metropolitano de Cesarea, exigía la juridicción de Cirilo que mantuvo la prioridad de su sede, como si tuviera un "trono apostólico". Acacio recordaba un Canon del Concilio de Nicea que dice: "Ya que por la costumbre o antigua tradición, el obispo de Aelia (Jerusalén) debe recibir honores, dejemos al metropolitano (de Cesarea) en su propia dignidad mantener el segundo lugar".

La pelea se hizo abierta y Acacio convocó un Concilio de Obispos partidarios suyos, al que citaron a Cirilo, pero no se presentó. Se le acusó de contumacia (porfía, obstinación en el error) y de haber vendido propiedades de la Iglesia para ayudar a los necesitados. Lo último, sí lo hizo, como anteriormente lo habían hecho muchos prelados, entre ellos San Ambrosio y San Agustín, y fueron comprendidos. El fraudulento Concilio condenó a Cirilo y fue desterrado de Jerusalén. Se fue para Tarso, lo recibió Silvanus, un obispo semi-arriano, y esperó allí la apelación que había hecho al tribunal superior. Dos años después, ante el Concilio de Seleucia, llegó su apelación. Este Concilio estaba integrado por semi-arrianos, arrianos y muy pocos miembros del partido ortodoxo, todos de Egipto. Cirilo se sentó entre los semi-arrianos que lo ayudaron durante su exilio. Acacio se fue de la reunión, objetando violentamente la presencia de Cirilo, pero regresó pronto para participar de los debates posteriores. El partido de Acacio fue depuesto por tener minoría y el de Cirilo fue reivindicado.

Acacio se fue a Constantinopla a tratar de convencer a Constantino a que reuniera otro concilio. Acusó a Cirilo de haber vendido unas vestiduras que el emperador le regaló a Macario para administrar el bautizo y que luego fueron vistas en una representación teatral. Esto puso furioso al emperador, y emitió un segundo decreto de exilio en contra de Cirilo, un año después de haber sido repuesto a su sede. Constantino muere en el año 361, le sucede Juliano, quien llama a que regresen todos los obispos que Constantino había desterrado, y así Cirilo regresa a su sede. Durante la gestión de Juliano el Apóstata, hubieron pocos martirios en comparación con otros reinados, pero cayó en la cuenta que la sangre de los mártires era el simiente de la iglesia y por esa razón hizo todo lo que pudo para desacreditar la religión que él había abandonado. Nos cuentan los historiadores de la Iglesia, Sócrates, Teodoreto y otros, que Juliano planeó reconstruir el templo de Jerusalén para apelar a los sentimientos nacionales de los Judíos y para demostrar que lo que Jesús había anunciado en el evangelio, no se cumpliría. San Cirilo contempla con calma los preparativos para la reconstrucción del templo, profetizando que sería un fracaso, y así sucedió. Gibbon y otros agnósticos se burlan de los sucesos sobrenaturales, sismos, esferas de fuego, desplome de paredes, etc….que le hicieron abandonar el proyecto, pero Gibbon admite que estos sucesos están confirmados no solo por escritores cristianos, como San Juan Crisóstomo y San Ambrosio, sino también por el testimonio de Ammianus Marcellinus, el soldado filósofo, que era pagano.

San Cirilo es desterrado por Valente, por tercera vez en el año 367, junto con todos los prelados nombrados por Juliano. Este último destierro duró 11 años, pero cuando sube al trono Teodoro, le restituye a su sede, donde permanece los últimos años de su vida. Triste por todo lo malo que encontró en Jerusalén, vicios, crímenes, desórdenes, herejías divisiones, etc… apela al Concilio de Antioquía. Envían a San Gregorio de Nissa, quien no pudo remediar nada y abandona Jerusalén, dejando para la posteridad sus "Advertencias en contra de las peregrinaciones", una detallada descripción de la moral de la santa ciudad en aquel tiempo.

Cirilo y San Gregorio estuvieron presentes en el gran Concilio de Constantinopla (primer Concilio Ecuménico que participó Cirilo), que era el segundo Concilio Ecuménico. En esta ocasión Cirilo, obispo de Jerusalén junto con los patriarcas de Alejandría y Antioquía, toma lugar como metropolitano, se reconoció la legitimidad de su episcopado. Este Concilio promulgó el Símbolo de Nicea, en su forma corregida. Cirilo y los demás aceptan el término "Homo-ousios" que llegó a ser la palabra clave de la ortodoxia. Este hecho toman Sócrates y Sozomeno, como un acto de arrepentimiento. Por otra parte, los obispos escriben una carta al Papa San Dámaso, donde halagan a Cirilo diciendo que es uno de los defensores de la verdad ortodoxa en contra de los arrianos.

Se cree que murió en Jerusalén en el año 386 a los 72 años.