Pasa su infancia y adolescencia con su familia y estudia primero en el Seminario Menor de los Padres Agustinos y después en la Universidad de Villanova, Pennsylvania, donde se licencia en Matemáticas y estudia Filosofía en 1977. El 1 de septiembre de ese mismo año ingresa en el noviciado de la Orden de San Agustín (OSA) de St. Louis, en la provincia de Nuestra Señora del Buen Consejo de Chicago, y hace su primera profesión el 2 de septiembre de 1978. El 29 de agosto de 1981 emite los votos solemnes.

Recibe su formación en la Catholic Theological Union de Chicago, licenciándose en Teología. Y a los 27 años es enviado por sus superiores a Roma para estudiar Derecho Canónico en la Pontificia Universidad Santo Tomás de Aquino (Angelicum). En la Urbe es ordenado sacerdote el 19 de junio de 1982 en el Colegio Agustiniano de Santa Mónica por monseñor Jean Jadot, pro-presidente del Pontificio Consejo para los No Cristianos, hoy Dicasterio para el Diálogo Interreligioso.

Prevost se licenca en 1984 y al año siguiente, mientras prepara su tesis doctoral, es enviado a la misión agustiniana de Chulucanas, Piura, Perú (1985-1986). Es en 1987 cuando discute su tesis doctoral sobre «El papel del Prior Local de la Orden de San Agustín» y es nombrado Director de Vocaciones y Director de Misiones de la Provincia Agustiniana «Madre del Buen Consejo» en Olympia Fields, Illinois (USA).

Al año siguiente se incorporó a la misión de Trujillo, también en Perú, como director del proyecto de formación común para los aspirantes agustinos de los vicariatos de Chulucanas, Iquitos y Apurímac.

En el espacio de once años desempeña los cargos de prior de la comunidad (1988-1992), director de formación (1988-1998) y profesor de profesos (1992-1998) y, en la archidiócesis de Trujillo, de vicario judicial (1989-1998) y profesor de Derecho Canónico, Patrística y Moral en el Seminario Mayor «San Carlos y San Marcelo». Paralelamente, se le confia la atención pastoral de Nuestra Señora Madre de la Iglesia, más tarde parroquia con el título de Santa Rita (1988-1999), en la periferia pobre de la ciudad, y fue administrador parroquial de Nuestra Señora de Monserrat de 1992 a 1999.

En 1999 es elegido Prior Provincial de la Provincia Agustiniana 'Madre del Buen Consejo' de Chicago, y dos años y medio después, en el Capítulo General Ordinario de la Orden de San Agustín, sus hermanos le eligieron Prior General, confirmándole en 2007 para un segundo mandato.

En octubre de 2013 regresa a su provincia agustiniana, en Chicago, y fue director de Formación del Convento de San Agustín, primer consejero y vicario provincial; cargos que desempeñó hasta que el Papa Francisco lo nombra, el 3 de noviembre de 2014, administrador apostólico de la diócesis peruana de Chiclayo, elevándolo a la dignidad episcopal como obispo titular de Sufar. Ingresó en la diócesis el 7 de noviembre, en presencia del nuncio apostólico James Patrick Green, quien le ordena obispo poco más de un mes después, el 12 de diciembre, festividad de Nuestra Señora de Guadalupe, en la catedral de Santa María.

Su lema episcopal es «In Illo uno unum», palabras que San Agustín pronuncia en un sermón, la Exposición sobre el Salmo 127, para explicar que «aunque los cristianos somos muchos, en el único Cristo somos uno».

El 26 de septiembre de 2015 fue nombrado obispo de Chiclayo por el Pontífice argentino y en marzo de 2018 fue elegido vicepresidente segundo de la Conferencia Episcopal Peruana, dentro de la cual también es miembro del Consejo Económico y presidente de la Comisión de Cultura y Educación.

En 2019 por Francisco, se cuenta entre los miembros de la Congregación para el Clero el 13 de julio de 2019 y al año siguiente, entre los de la Congregación para los Obispos (21 de noviembre).

Mientras tanto, el 15 de abril de 2020, llega el nombramiento papal también como administrador apostólico de la diócesis peruana de Callao.

El 30 de enero de 2023, el Papa lo llama a Roma como prefecto del Dicasterio para los Obispos y presidente de la Pontificia Comisión para América Latina, promoviéndolo a arzobispo. Y en el Consistorio del 30 de septiembre del mismo año lo creó y nombró cardenal, asignándole el diaconado de Santa Mónica. Prevost tomó posesión el 28 de enero de 2024 y, al frente del dicasterio, participó en los últimos viajes apostólicos del Papa Francisco y en la primera y segunda sesiones de la XVI Asamblea General Ordinaria del Sínodo de los Obispos sobre la Sinodalidad, celebradas en Roma del 4 al 29 de octubre de 2023 y del 2 al 27 de octubre de 2024, respectivamente.Una experiencia en asambleas sinodales ya adquirida en el pasado como prior de los agustinos y representante de la Unión de Superiores Generales (UGS).

Mientras tanto, el 4 de octubre de 2023, Francisco se cuenta entre los miembros de los Dicasterios para la Evangelización, Sección para la Primera Evangelización y las Nuevas Iglesias Particulares; para la Doctrina de la Fe; para las Iglesias Orientales; para el Clero; para los Institutos de Vida Consagrada y las Sociedades de Vida Apostólica; para la Cultura y la Educación; para los Textos Legislativos; de la Pontificia Comisión para el Estado de la Ciudad del Vaticano.

Finalmente, el 6 de febrero de este año, fue promovido al orden de los obispos por el Pontífice argentino, obteniendo el título de la Iglesia Suburbicaria de Albano.

Durante la última hospitalización de su predecesor en el políclinico «Gemelli», Prevost presidió el rosario por la salud de Francisco el 3 de marzo en la plaza de San Pedro.