A los 14 años ingresó al Colegio de Artes, de la Universidad en Coimbra, destacando como uno de los mejores alumnos y como un gran poeta. Componía versos latinos con extrema facilidad y era llamado el "Canario de Coimbra".
Fue alentado por el Padre Simón Rodríguez, compañero de San Ignacio de Loyola, para ingresar en la Compañía de Jesús, lo que finalmente sucedió cuando contaba 17 años en 1552. Comenzó sus estudios de Filosofía pero debido a un enfermedad en 1553 partió de Tejo (Lisboa) a Brasil, donde inició su primera labor de catequesis con los indios tupis con quienes aprendió su idioma y evangelizó a través de la poesía.
En un poblado indígena llamado Piratininga, fundó un colegio para indios. La misión atrajo pronto a numerosos colonos, formándose en torno a ella la ciudad de Sao Paulo. En 1565 fue enviado a San Vicente de Rio de Janeiro, donde colaboró en la construcción de un colegio y del primer hospital de la ciudad llamado la Casa de la Misericordia. Este mismo año fue ordenado sacerdote.
Luego regresó a San Vicente, donde por espacio de seis años colaboró en el colegio además de realizar un importante trabajo apostólico y literario. Entre 1577 y 1587 fue designado superior de los jesuitas en Brasil, incentivando aún más el trabajo en las escuelas y la catequesis con los niños.
Falleció el 9 de junio de 1597, a la edad de 63 años. El 10 de agosto de 1736 el Papa Clemente XII declaró al Padre Anchieta como Venerable. Juan Pablo II lo beatificó el 22 de junio de 1980.
San José de Anchieta fue uno de los patrones de la reciente Jornada Mundial de la Juventud Río de Janeiro 2013 y es considerado uno de los más importantes modelos de la Compañía de Jesús. El Papa Francisco lo canonizó el 3 de abril de 2014.
