Famoso por sus terribles penitencias, nació en 1499 en la comunidad española de Alcántara. Su padre era gobernador de la región y su madre era de muy buena familia. Ambos se distinguían por su gran piedad y su excelente comportamiento. Estando estudiando en la universidad de Salamanca, el santo se entusiasmó por la vida de los franciscanos debido a que los consideraba personas muy desprendidas de lo material y muy dedicadas a la vida espiritual. Pidió ser admitido como franciscano y eligió para irse a vivir al convento donde estaban los religiosos más observantes y estrictos de esa comunidad.

En el noviciado lo pusieron de portero, hortelano, barrendero y cocinero. Pero en este último oficio sufría frecuentes regaños por ser bastante distraído. Llegó a mortificarse tan ásperamente en el comer y el beber que perdió el sentido del gusto y así todos los alimentos le sabían igual. Dormía sobre un duro cuero en el puro suelo. Pasaba horas y horas de rodillas, y si el cansancio le llegaba, apoyaba la cabeza sobre un clavo en la pared y así dormía unos minutos, arrodillado. Pasaba noches enteras sin dormir ni un minuto, rezando y meditando. Por eso ha sido elegido protector de los celadores y guardias nocturnos. Con el tiempo fue disminuyendo estas terribles mortificaciones porque vio que le arruinaban su salud. Fue nombrado superior de varios conventos y siempre era un modelo para todos sus súbditos en cuanto al cumplimiento exacto de los reglamentos de la comunidad.

Pero el trabajo en el cual más éxitos obtenía era el de la predicación. Dios le había dado la gracia de conmover a los oyentes, y muchas veces bastaba su sola presencia para que muchos empezaran a dejar su vida llena de vicios y comenzaran una vida virtuosa. Prefería siempre los auditorios de gente pobre, porque le parecía que eran los que más voluntad tenían de convertirse. Pidió a sus superiores que lo enviaran al convento más solitario que tuviera la comunidad. Lo mandaron al convento de Lapa, en terrenos deshabitados, y allá compuso un hermoso libro acerca de la oración, que fue sumamente estimado por Santa Teresa y San Francisco de Sales, y ha sido traducido a muchos idiomas.

Deseando San Pedro de Alcántara que los religiosos fueran más mortificados y se dedicaran por más tiempo a la oración y la meditación, fundó una nueva rama de franciscanos, llamados de "estricta observancia". El Sumo Pontífice aprobó dicha congregación y pronto hubo en muchos sitios, conventos dedicados a llevar a la santidad a sus religiosos por medio de una vida de gran penitencia.